Akcja filmu „Zakonnica II” rozgrywa się w roku 1956, we Francji. W okrutny sposób zostaje zamordowany pewien ksiądz, a zło zdaje się rozprzestrzeniać po świecie. Sequel globalnego przeboju, „Zakonnica,” kontynuuje opowieść o siostre Irene, która raz jeszcze staje w obliczu mrocznych i nadprzyrodzonych sił. Siostra Irene, po traumatycznych wydarzeniach z pierwszej części, próbuje wrócić do normalnego życia w klasztorze, gdzie skupia się na swoim powołaniu i duchowej służbie. Jednak spokój zostaje zakłócony, gdy zaczynają pojawiać się znaki, które sugerują powrót złowrogiej siły, którą pokonano wcześniej. Razem z grupą zakonnic i innymi osobami, siostra Irene musi stawić czoło demonicznemu obłędowi, który zdaje się rozprzestrzeniać na nowo. W trakcie swojego śledztwa i walki z nadprzyrodzonymi zjawiskami, odkrywa przerażającą prawdę o pochodzeniu tej mrocznej mocy i konieczność jej ostatecznego pokonania.